如果使⽤以前的版本不会出现这样的问题。
有个⼩插曲：不知道怎么解决这个问题的时候，⽆论输⼊什么数据都显⽰出这个结果，⼼态差点就崩了，然后花了点钱请淘宝上做⽣信分析的⼈，⽤我的数据帮我跑了⼀遍，可以出结果。最后观察版本之间有什么差别的时候就发现最新版本优化了，然后淘宝上那个⽣信技术厉害的客服⽤最新版本也出不了结果，他就去官⽹发了⼀个issue(就是上⾯图⽚⾥的），开发者很快就给回复了，解释了原因。
问题3：使⽤varch跑出的结果使⽤out.fa和out_table.biom两个⽂件可以直接跑出预测结果，但使⽤qiime跑出的结果中两个⽂件夹的out名称不⼀致，要删掉后⾯的其他字符可采⽤以下⽅法。
修改fastq⽂件OTU 名字`
awk '{print $1 }' FASTA_IN > FASTA_OUT
其中FASTA_IN和FASTA_OUT是输⼊和输出FASTA⽂件的名称。
$2：⼀⾏⼀⾏的读取指定的⽂件， 以空格作为分隔符，打印第⼆个字段
⽐如有这样⼀个⽂件
a1 b1 c1 d1
a2 b2 c2 d2
执⾏的结果是，输出:
b1
b2
问题4：会出现以下报错，⼤概率是电脑内存不够，picrust2官⽹有⼀个针对这个错误的issue。
picrust2_pipeline.py –s out.fa -i out_table.biom \
-o picrust2_out_pipeline -p 4
-p 4是使⽤4线程的意思
输出的结果包括EC,KO,PATHWAY的丰度信息。
但是但是结果⽂件中的结果⽐较简洁，⽐如只输⼊EC1.1.1，⽽不标注对应的酶名字，这时候需要加⼯加⼯。根据需要酌情添加描述：add_descriptions.py -i EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m EC -o EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv
add_descriptions.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m KO -o KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv
add_descriptions.py -i COG_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m COG -o COG_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv
add_descriptions.py -i PFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-m PFAM -o PFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv
add_descriptions.py -i TIGRFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv\
-m TIGRFAM -o TIGRFAM_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat_descrip.tsv
add_descriptions.py -i pathways_out/path_abun_unstrat.tsv
-m METACYC -o pathways_out/path_abun_unstrat_descrip.tsv
结果输出中没有KEGG结果，可通过以下命令⽣成KEGG pathway 丰度表和注释结果
pathway_pipeline.py -i KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv \
-o KEGG_pathways_out --no_regroup --map \
/home/qiime2/miniconda/envs/picrust/lib/python3.6/site-package/
picrust2/default_files/pathway_mapfiles/KEGG_pathways_to_KO.tsv
这⾥KEGG_pathways_to_KO.tsv需要你在你的虚拟机上搜索后输⼊完整并且正确的⽂件路径。
# 添加功能描述
add_descriptions.py -i KEGG_pathways_out/path_abun_ \
--custom_map_table /home/qiime2/miniconda/envs/picrust/lib/python3.6/site-
package/picrust2/default_files/description_mapfiles/KEGG_pathways_ \
-o KEGG_pathways_out/path_abun_unstrat_
这⾥/KEGG_pathways_需要你在你的虚拟机上搜索后输⼊完整并且正确的⽂件路径。
