lncRN A分析网页单位+lncRN
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版结题报告
2015/12/29
目录1 项目信息
1.1 基本思想
1.2 实验流程
1.2.1 样本检测
1.2.2 文库构建和上机测序
1.3 信息分析流程
1.4样品信息
2 数据过滤
2.1 原始数据
2.2 数据过滤统计
2.3 测序质量分布
2.4测序碱基分布
3 比对分析
3.1 比对率分析
3.2 基因区域分布
3.3 均一性分析
3.4比对文件可视化
4 表达量分析
4.1 表达量估计
4.1.1 表达量分布统计
4.1.2 饱和度分析
4.1.3 样品实验的聚类
4.2 差异表达分析
4.2.1 差异表达分析统计结果
4.2.2 差异表达基因聚类图
4.2.3 差异表达基因统计结果注释
4.3 蛋白互作网络
5 功能分析
5.1 G O功能分析
GO统计
5.1.1 差异表达基因的GO
5.1.1 差异表达基因的
GO富集分析
5.1.2 GO
5.1.2
5.2 G O富集D A G图
5.3 K E G G通路分析
6 可变剪接
6.1 可变剪切分析
6.1.1 可变剪切事件分类和数量统计
6.1.2 可变剪切事件结构和表达量
6.2 新转录本预测
7 变异分析
8 已知ln cRNA
8.1 表达量分析
8.1.1 表达量统计
8.1.2 表达量分布统计
8.1.3 样品实验的聚类
8.2 已知差异表达分析
8.2.1 已知差异表达分析统计结果
8.3 已知G O功能分析
8.3.1 已知差异表达
的GO统计
l ncRNA的
8.3.1 已知差异表达l ncRNA
的GO富集分析
l ncRNA的
8.3.2 已知差异表达l ncRNA
8.3.2 已知差异表达
DAG图
图
富集DAG
8.3.3 已知GO
GO富集
8.3.3 已知
8.4已知K E G G通路分析
9 Novel ln cRNA
9.1 No v el ln cR NA鉴定
9.2 编码潜能分析
CPAT分析
分析
9.2.1 CPAT
9.2.1
CNCI分析
分析
9.2.2 CNCI
9.2.2
CPC分析
分析
9.2.3 CPC
9.2.3
分析
PLEK分析
9.2.4
9.2.4 PLEK
9.3 特征分析
长度统计
No vel l ncRNA长度统计
9.3.1
9.3.1 No ncRNA
No vel l ncRNA外显子个数统计
外显子个数统计
9.3.2 No ncRNA
9.3.2
转录本的长度分布比较
l ncRNA转录本的长度分布比较
9.3.3 编码基因与l ncRNA
9.3.3 编码基因与
转录本外显子分布比较
l ncRNA转录本外显子分布比较
9.3.4 编码基因与
9.3.4 编码基因与l ncRNA
9.4保守性分析
9.4.1 位点保守性
9.4.2 序列保守性
9.5 估计表达量
9.5.1
表达量估计
No vel l ncRNA表达量估计
9.5.1 No ncRNA
表达量的比较
l ncRNA表达量的比较
9.5.2 编码基因与
9.5.2 编码基因与l ncRNA
No vel l ncRNA表达量分布统计
表达量分布统计
9.5.3 No ncRNA
9.5.3
样品实验的聚类
No vel l ncRNA样品实验的聚类
9.5.4 No ncRNA
9.5.4
差异表达分析
9.6el
No v el差异表达分析
差异表达分析统计结果
l ncRNA差异表达分析统计结果
9.6.1 l ncRNA
9.6.1
9.7 靶标预测分析
作用靶标预测及功能注释
Cis作用靶标预测及功能注释
的Cis
9.7.1
9.7.1 No ncRNA
No vel l ncRNA的
Tra ns靶标预测及功能注释
靶标预测及功能注释
的ns
9.7.2
No vel l ncRNA的
9.7.2 No ncRNA
Tra ns靶标
预测Tra ns
靶标
9.7.3
W GCNA预测
9.7.3 W GCNA
No vel l ncRNA靶基因调控网络分析
靶基因调控网络分析
9.7.4 No ncRNA
9.7.4
9.8组织特异性
10 附录
10.1 参考文献
10.2 软件与方法说明
10.3 结果目录
1 项目信息
1.1 基本思想
安诺优达lncRNA测序，基于Illumina测序平台，鉴定某个物种在特定组织或者特定时期下表达的Novel lncRNA，检测mRNA、已知lncRNA和novel lncRNA的表达量，并针对实际样品信息采用灵活的差异分析策略可以找到生物体不同时期、不同组织或不同个体间差异表达的mRNA和lncRNA。对于mRNA，进行功能注释，进而得到mRNA在生物体中参与生命活动的一个清晰的生物信息图谱,mRNA的深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录本预测和变异分析等其他个性化分析；对于lncRNA，深层分析包括保守性分析、靶标预测、功能预测等功能分析。
1.2 实验流程
1.2.1 样本检测
安诺优达对总RNA的样本检测包括以下3种方法：
（1）1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质；
（2）凯奥K5500分光光度计检测样品纯度（凯奥，北京）；
（3）安捷伦2100 RNA Nano 6000 Assay Kit（Agilent Technologies, CA, USA）检测RNA样品的完整性和浓度。
1.2.2 文库构建和上机测序
每个样品取3µg总RNA作为起始量构建lncRNA文库。使用Ribo-Zero™ Gold Kits去除样品中的rRNA，根据 NEB Next Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina （ NEB，Ispawich，USA ） 的操作说明分别选取不同的index标签建库。
文库构建的具体步骤为：首先使用试剂盒去除核糖体rRNA，向反应体系中加入 Fragmentation Buffer
使 RNA 片断化成为短片段，再以片断后的 RNA 为模板，用六碱基随机引物 （ Random Hexamers ） 合成 cDNA 第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNa H 和 DNA Polymera I 合成 cDNA 第二链，经过QiaQuick PCR 试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接
