TCGA样本编号什么意思?

更新时间:2023-05-03 17:22:23 阅读: 评论:0

TCGA样本编号什么意思?
之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode,其规则懂的不多。相信有不少也有这⽅⾯困惑。
这是实战TCGA数据库的⼜⼀个知识澳大利亚中学留学 点,如果你已经对TCGA有浅显的认识,那么我们应该根据研究⽅向找到⾃⼰的癌症类型,TCG十四是十四绕口令 A有⼀台完整的癌症分型,慢慢这个分型也成为了主流,你别不服⽓,如果我们有这样的科研实⼒和共享魄⼒,⼀样可以得到科研界的认可,可是路漫漫,幸好我们都在路上,⾄少现在的统计显⽰,国内发表关于TCGA的⽂章数据已经过半数了。
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最重要的癌症类型有32个,会带领⼤家⼀个⼀个来认识,以后分析学习的时候可以直接查看,如果是全英⽂的,那你会说,这个我也知道,放⼼,当然会给⼤家简单中⽂检索的。他们分别是:
ACC 腺样囊性癌
BLCA 膀胱癌
BRCA 乳腺癌
CESC 宫颈鳞状细胞癌
CHOL 胆癌
COAD 结肠癌
DLBC 淋巴癌
ESCA ⾷管癌
GBMLGG 脑癌
HNSC 头颈部鳞癌
KICH 嫌⾊细胞癌
KIRC 肾透japanis 明细胞癌
KIRP 乳头状肾细胞癌
LAML ⾻髓癌
LIHC 肝癌
LUAD 肺腺癌
LUSC 肺鳞状细胞癌
MESO 胸膜癌
OV 卵巢修改病句符号 癌
PAAD 胰腺癌
PCPG 肾上腺癌
PRAD 前列腺癌
READ 直肠癌
SARC 软组织癌
SKCM ⽪肤癌
STAD 胃癌
TGCT 睾丸癌
THCA 甲状苏州名吃 腺癌
THYM 胸腺癌
UCEC ⼦宫内膜癌
UCS ⼦宫癌
UVM 眼癌
这样展⽰给⼤家,会不会很唐突,⼤家保存就是了,整理是需要时间和经理的,具体每个癌症的详情,还需要⼤家⼀起去完善。不知道有找到⾃⼰需要研究的癌症类型呢?找到了癌症的类型,带⼤家来认识⼀下癌症⼤数据⾥最常见,最有标志性的,样本代号,这个估计也要变成国际标准了,相信科研组在考虑如何命名是也是下⾜了功夫,因为TCGA数据量⼤,涉及的样本多,每个样本的表达数据类型有多,太简单的话⽆法检索需求啊,太难更不⾏了,会被嫌弃的!
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举个样本例⼦给⼤家:
TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01
就这么⼀个简单的代号,包含着多少信息,⼜包含着多少科研⼯作的热情和⼼⾎。
TCGA命名每个字段的意义
Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center
TCGA:Project 项⽬名称
02:TSS 支付宝集福 组织来源代码
0001:Participant 科研参与者
01:Sample 样本号
C:Vial 样本序列中样本的阶数
01:Portion 顺序中部分的次序
D:Analyte
0182:Plate 顺序中的板的顺序
01:Center 测序鉴定
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看了这么多,是不是有点糊涂了,其实这个代码中,最重要的就是第四个字段,也就是01C,准确的说01对我们来说⾮常重要,这个sample的数字是从01-29的,其中01-09是tumor,也就是癌症样本力量用英语怎么说 ;其中10-29是normal,也就是癌旁;这个对于每个研究者才是最重要的,当然,这个必须记住,只有
记住这个,后期才能做差异分析,⽣存分析,如果连肿瘤样本和癌旁样本都区分不了,何谈后续分析呢?
业内有⼈戏说:“⼀⼊TCGA深似海”老年人贫血吃什么补血最快最有效 ,这可见癌症谱图有多⼤,我们有多渺⼩,对于科研数据,我们应该怀着⼀颗敬畏和空杯的⼼态,⼀步⼀步,不如TCGA⼤数据的殿堂,去挖掘对癌症分析、治疗有⽤的数据库,也不初一拜年祝福语 枉TCGA曾经定下的⽬标和宏伟梦想。

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