(完整)转录组RNAq术语解释

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RNA—Seq名词解释
1.index
测序的标签,用于测定混合样本,通过每个样本添加的不同标签进行数据区分,鉴别测序样品。
2.碱基质量值
梦工厂动画(Quality Score或Q-score)是碱基识别(Ba Calling)出错的概率的整数映射。碱基质量值越高表明碱基识别越可靠,碱基测错的可能性越小。
3.Q30
碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99。9%。
4。FPKM(Fragments Per Kiloba of transcript per Million fragments mapped)每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的fragment个数。计算公式为
公式中,cDNA Fragments 表示比对到某一转录本上的片段数目,即双端Reads数目;Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads总数,以10为单位;Transcript Length(kb):转录本长度,以kb个碱基为单位。
5.FC(Fold Change)
即差异表达倍数。
6。FDR(Fal Discovery Rate)
即错误发现率,定义为在多重假设检验过程中,错误拒绝(拒绝真的原(零)假设)的个数占所有被拒绝的原假设个数的比例的期望值。通过控制FDR来决定P值的阈值。
7。P值(P—value)
即概率,反映某一事件发生的可能性大小。统计学根据显著性检验方法所得到的P 值,一般以P<0。05为显著,P〈0。01为非常显著,其含义是样本间的差异由抽样误差所致的概率小于0.05或0。01.
8。可变剪接(Alternative splicing)
有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程称为可变剪接(或选择性剪接,alternative splicing).可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,是导致真核生物基因和蛋白质数量较大差异的重要原因.在生物体内,主要存在7种可变剪接类型:A)Exon skipping;B)Intron retention;C) Alternative 5' splice site;D)Alternative 3' splice site;E) Alternative first exon;F) Alternativelast exon;G) Mutually exclusive exon.
9.外显子跳跃(Exon skipping)
外显子在前体mRNA剪接形成成熟mRNA过程中被跳过,最终没有出现在某些成熟mRNA上,这种剪接机制被称为外显子跳跃。
10. 内含子保留(Intron retention)
前体mRNA在剪接形成成熟mRNA的过程中,部分内含子被保留下来,这种剪接机制被称为内含子保留。
11。 5'或3’端可变剪接
北京新东方英语官网前体mRNA在剪接形成成熟mRNA的过程中,5'端或3’端边界发生不同方式的剪接,这种剪接机制被称
为5'或3'端可变剪接.
12。基因结构优化
由于使用的软件或数据本身的局限性,导致所选参考基因组的注释往往不够精确,需要对原有注释的基因结构进行修正,这一过程称为基因结构优化.女生竞选部长演讲稿
13. 基因间区(intergenic)
指基因与基因之间的间隔序列,不属于基因结构,不直接决定氨基酸,可能通过转录后调控影响性状的区域。
14。 UTR:(UntranslateRegions)
非翻译区域。是信使 RNA(mRNA)分子两端的非编码片段.5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至 AUG 起始密码子,3’—UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚 A 尾巴(Poly-A)的前端.
15。 ORF(open reading frame)
开放阅读框或开放读码框。是结构基因的正常核苷酸序列,从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链,其间不存在使翻译中断的终止密码子.
16. CDS(Coding quence)
毛羽是编码一段蛋白产物的序列,是结构基因组学术语。DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应。
17. 插入片段大小(inrt size)
通过检测双端序列在基因组上的起止位置,可以得到插入片段的实际长度,决定了测序的长度,是信息分析的重要参数.
18. 分子标记
是遗传标记的一种,直接在DNA分子上检测遗传变异。分子标记能对不同发育时期的个体、组织器官甚至细胞作检测,数量极多,遍及整个基因组,多态性高,遗传稳定,不受环境及基因表达与否的影响。目前常见分子标记主要有SNP、InDel、SSR 等.
19。 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)
即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异,这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起,也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
20。 SSR(Simple Sequence Repeat,SSR)
即简单重复序列,又叫微卫星序列,指的是基因组中由1—6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200bp以下.
ais
21. 转换(transition)
同类型(嘌呤和嘌呤,或嘧啶和嘧啶)碱基之间的相互替换称为转换。
22。颠换(transversion)
不同类型(嘌呤和嘧啶)碱基之间的相互替换称为颠换。
23。 RNA编辑(RNA editing)
是指在mRNA水平上改变遗传信息的过程.具体来说,指基因转录产生的mRNA分子中,由于核苷酸的
缺失,插入或置换,基因转录物的序列不与编码序列互补,使翻译生成的蛋白质的氨基酸组成,不同于基因序列中的编码信息现象。
24. 差异表达转录本(DifferentiallyExpresd Transcript,DET)
指表达水平存在显著差异的转录本。
25。差异表达基因(Differentially Expresd Gene,DEG)amulet
指在两个不同条件(如对照与处理、野生型和突变型、不同时间点、不同组织等)下,表达水平存在显著差异的基因,称之为差异表达基因.
26。生物学重复(Biological Replicates)
可以定义为使用来自不同抽提的RNA样本进行杂交,例如,同一来源独立制备的样本,或者不同来源的样本(不同组织或者一个细胞系的不同培养物).
27。技术重复
使用同一个抽提的RNA进行实验称为技术重复。与生物学重复相比,技术重复不是完全独立的,取平均值不能去除共有的系统偏差。
28。皮尔逊相关系数r(Pearson's Correlation Coefficient)
用于度量两个变量X和Y之间的相关(线性相关),其值介于-1与1之间。其中,1表示变量完全正相关,0表示无关,—1表示完全负相关.在高通量测序中,将皮尔逊相关系数作为生物学重复相关性的评估指标。越接近1,说明两个重复样品相关性越强.
29。 Unigene
Unique Gene的英文缩写,意为广泛通用的基因数据库,通过电脑对相同基因座(Locus)的收集整理集合形成一个非冗余的基因数据库。
123翻译网30. Contig
高通量测序中利用软件将具有一定长度overlap的reads连成更长的片段,这些通过reads overlap
关系得到的不含N的组装片段称之为Contig.
31. Scaffold
高通量测序中reads经过拼接获得Contigs,Contig经过确定先后顺序用N连接起来组成Scaffold。
32. Contig N50
Reads拼接后会得到长度不同的Contigs。将所有Contigs的长度相加后获得一个Contig的总长度。
之后将所有Contig按照序列长度由短到长进行排序,如获得Contig1,Contig2,Contig3……..。将
Contig按照这个顺序一次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即
为Contig N50。
2020年英语四级真题卷33。 component
TRINITY 软件拼接过程中,由于contig的构造方法,使得各个contig之间不可能共享k个以上序列,因此这些 inchwormcontigs不能很好的表征各种可变剪切形式和同源基因等情况,软件中“chrysalis"这
一步骤将那些有重叠的contigs聚类,构成components。component就成为一组可变剪切isoform或同源
基因可能的表征的集合。
34。 de Bruijn graph
使用 TRINITY 软件拼接时,在“chrysalis”步骤中会将 component通过 overlap 关系构建成 de Bruijn图,便于获取可变剪切的序列。
35. 数字基因表达谱(DigitalGene Expression Profile,DGE)
利用新一代高通量测序技术和高性能的计算分析技术,能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组
织在特定状态下的基因表达情况。
36。 small RNA
subject翻译成中文对长度在18-40bp的短 RNA 进行序列、结构、表达、功能上的分析,主要进行miRNA,siRNA,piRNA
几种类型 sRNA 的分析;可与 mRNA 关联分析.
37。 ncRNA(non—coding RNA)
非编码RNA.指不编码蛋白质的RNA。其中包括 rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA和microRNA 等多种已知
功能的 RNA,及未知功能的 RNA。其共同特点是都能从基因组上转录而来,不需要翻译成蛋白即可在 RNA
水平上行使各自的生物学功能。
38。降解组测序(Degradome Sequencing)
利用高通量测序平台,针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序,从中筛选miRNA作用的靶基因,并结合生物信息学分析确定降解片段与miRNA的精确配对信息.该技术能从细胞或组织中准确高效的筛选出miRNA 的靶基因,为研究miRNA 与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。
39. lncRNA(long noncoding RNA)

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标签:基因   序列   剪接   碱基   表达   测序
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