离心管架

更新时间:2023-01-03 17:42:23 阅读: 评论:0


2023年1月3日发(作者:舌尖上的韩国)

一.重组质粒的构建T质粒载体

重组的DNA分子是在DNA连接酶的作用下,有Mg2、ATP存在的连接缓冲系统

中,将分别经酶切的载体分子与外源DNA分子进行连接。

DNA连接酶有两种:T4噬菌体DNA连接酶和大肠杆菌DNA连接酶。两种DNA连接

酶都有将两个带有相同粘性末端的DNA分子连在一起的功能,而且T4噬菌体DNA连

接酶还有一种大肠杆菌DNA连接酶没有的特性,即能使两个平末端的双链DNA分子连

接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接率低,一般可通过提高T4噬菌体DNA

连接酶浓度或增加DNA浓度来提高平末端的连接效率。T4噬菌体DNA连接酶催化

DNA连接反应分为3步:首先,T4DNA连接酶与辅因子ATP形成酶-ATP复合物;然

后,酶-ATP复合物再结合到具有5’磷酸基和3’羟基切口的DNA上,使DNA腺苷化;

最后产生一个新的磷酸二酯键,把切口封起来。连接反应通常将两个不同大小的片断

相连。

很多DNA聚合酶在进行PCR扩增时会在PCR产物双链DNA每条链的3’端加上一

个突出的碱基A。pUCm-T载体是一种已经线性化的载体,载体每条链的3’端带有一

个突出的T。这样,pUCm-T载体的两端就可以和PCR产物的两端进行正确的AT配对,

在连接酶的催化下,就可以把PCR产物连接到pUCm-T载体中,形成含有目的片断的

重组载体。

连接反应的温度在37℃时有利于连接酶的活性。但是在这个温度下粘末端的氢键

结合是不稳定的。因此采取折中的温度,即12-16℃,连接12-16h(过夜),这样既

可最大限度地发挥连接酶的活性,又兼顾到短暂配对结构的稳定。

二.感受态制备原理

细菌在0°CCaCl2低渗溶液中胀成球形,丢失部分膜蛋白,成为容易

吸收外源DNA的感受态。

三.β-半乳糖甘酶显色反应选择法

LacZ基因是大肠杆菌乳糖操纵子中的一个基因,可以编码β—半乳糖核苷酶。

β—半乳糖核苷酶是由4个亚基组成的四聚体,可催化乳糖的水解.用X-Gal为底物

进行染色时,呈蓝色。

现在一些特定的质粒(比如pUC/pBS等),常带有β—半乳糖核苷酶的调控序列

和β—半乳糖核苷酶N端146个氨基酸(α肽段)的编码序列,在这个编码序列里还

插入一个多克隆位点(MCS),它并不影响lacZ的表达。另外,常用的大肠杆菌带有

β—半乳糖核苷酶C端部分序列(β肽段),的编码序列。在各自独立的情况下,这

些质粒与大肠杆菌各自编码的β—半乳糖核苷酶片段都没有酶的活性。只有当携带α

肽编码信息的克隆载体成功进入宿主细胞,在培养基诱导物IPTG的诱导下,载体质

粒能够合成β—半乳糖核苷酶N端(α肽段),这样就与宿主细胞合成的β—半乳糖

核苷酶C端部分序列(β肽段)互补,形成完整的β—半乳糖核苷酶活性蛋白。

而当外源基因插入到此种载体质粒lacZ的多克隆位点后,会造成lacZ基因不能

表达,从而不能合成β—半乳糖核苷酶;而对于空载体,lacZ基因正常表达,通过α

互补合成β—半乳糖核苷酶,分解培养基里的色素底物X-gal,最终形成蓝色的化合

物,出现蓝色菌斑。

实验准备:清洗,5个100ml锥形瓶(外加1个小的),6副培养皿,3个小试剂瓶,

接种环,涂布棒。准备100ml超纯水。溶液:LB300ml(液体50ml+50ml,固体100ml),

0.1mol/LCaCl210ml,100mg/mlAmp1ml,20mg/mlX-gal1ml,200mg/mlIPTG1

ml。大肠杆菌菌液1ml。

感受态细胞连接产物

4管4x5=20ul做4份

目的基因T载体T4连接酶10x冲液

4x4uL4x1uL4x0.5uL4x1uL

灭菌:5个100ml锥形瓶(外加1个小的),6副培养皿,3个小试剂瓶,接种

环,涂布棒,10ml超纯水,LB培养基,1.5mlEP管,大小枪头,过滤用具2副,,0.1mol/L

CaCl2

实际配置20mg/mlX-galX-gal为5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D半乳糖苷。用二基甲酰

胺(DMF)溶解X-gal配制成的20mg/ml(取0.02gX-gal,用DMF定容为1ml)的贮存

液。保存于一玻璃管或聚丙烯管中,装有X-gal溶液的试管须用铝箔封裹以防因受光

照而被破坏,并应贮存于-20℃。X-gal溶液无须过滤除菌。(DMF二甲基甲酰胺;

Dimethylformamide;N,N-Dimethylformamide;DMF;CAS:68-12-2理化性质:无色、

淡的胺味的液体。分子式C3-H7-N-O。分子量73.10。相对密度0.9445(25℃)。熔点

-61℃。沸点152.8℃。)溶于DMSO,溶解度可达20mg/ml。也溶于DMF溶于DMSO,

溶解度可达20mg/ml。也溶于DMF

200mg/mlIPTG在0.8ml蒸馏水中溶解0.2gIPTG后,用蒸馏水定容至1ml,用

0.22μm滤器过滤除菌,贮存于-20℃。

LB培养基:

配制每升培养基,应该在950ml去离子水中加入:胰化蛋白胨10g酵母提取物

5gNaCl10g摇动容器直至溶质溶解.用5mol/LNaOH调pH至7.3.用去离子水定容至

1L.在15psi高压下蒸汽灭菌20min.(100mlLB培养基加入1.5g琼脂粉为固体培养

基)

0.1mol/LCaCl2:取0.11098g氯化钙固体定容至10ml

Amp(100mg/ml):溶解0.1g氨苄青霉素钠盐于足量的水中,最后定

容至1ml,用0.22μm滤膜过滤除菌.

实验过程

(一).目的基因片段与载体连接

器材

旋涡混合器,微量移液取样器,移液器吸头,1.5ml微量离心管,双

面离心管架,台式离心机,干式恒温气浴。

试剂

T载体,T4DNA连接酶,连接酶缓冲液,无菌ddWater。

操作步骤

PCR产物与T载体直接连接:

(1)事先将干式恒温仪(或冰盒里的水)温度设定在14~16°C。

(2)取4个灭菌的200ul微量离心管,加入:(需要调整)4ml目的基因;

1mlT载体;0.5mlT4DNA连接酶(TAKARA,350U/ul);1ml连接酶缓冲液10x

buffer;3.5mlddWater,总量10ml体系。

(3)述混合液轻轻震荡后再短暂离心,然后置于14°C干式恒温仪(或14°C

水中)中保温过夜(12-16h)。

(4)连接后的产物可以立即用来转化感受态细胞或置4°C冰箱备用。

(二).大肠杆菌感受态细胞的制备细菌转化

仪器:旋涡混合器,微量移液取样器,移液器吸头,50ml微量离心管,

1.5ml微量离心管,台式冷冻离心机,制冰机,恒温摇床,分光光度计,

超净工作台,恒温培养箱,摇菌试管,三角烧瓶,接种环,恒温摇床,培

养皿(已铺好固体LB-Amp),酒精灯,玻璃涂棒,恒温培养箱,滤膜和过

滤器

试剂:菌种,LB培养基,0.1mol/LCaCl2溶液,无菌ddWater,

LB培养基(不加抗菌素),LB培养基(加抗菌素),无菌ddwater,IPTG,

X-gal。

步骤(1)在超净工作台中,将1ml大肠杆菌菌液加入100mlLB液态培养基(不含

抗菌素),37℃摇床培养过夜。

(2)取0.5ml上述菌液转接到含有50mLLB培养基的三角烧瓶中,37℃下

250r/min摇床培养2~3h,测定OD590为0.35~0.4左右(<0.4~0.6,细胞数<108/mL,

此为关键参数!)。(注意:此步摇菌的时候,要有一管不加菌的LB培养液同时摇

菌)

(3)将1ml菌液加入到4支1.5mL预冷无菌的聚丙烯离心管中,于冰上放置

10min,然后于4℃,5000rpm离心5min。

(4)将离心管倒置以倒尽上清液,加入1ml冰冷的0.1mol/LCaCl2溶液,

立即在涡旋混合器上混匀,插入冰中放置30min。

(5)4℃,5000rpm离心5min,弃上清液后,用100μL冰冷的0.1mol/LCaCl2

溶液垂悬,插入冰中放置2h,可以直接用作转化实验,或立即放入-4摄氏度冰柜中

保藏。

(6)事先将恒温水浴的温度调到42℃。

(7)从-70℃超低温冰柜中取出一管(100μL)感受态菌,立即用手指加温融

化后插入冰上,冰浴5~10min。

(8)加入5μL连接好的质粒混合液(DNA含量不超过100ng),轻轻震荡后放

置冰上20min。

(9)轻轻摇匀后插入42℃水浴中90s进行热休克,然后迅速放回冰中,静置

3min。

(10)在超净工作台中向上述各管中分别加入300μLLB培养基(不含抗菌素)

轻轻混匀,然后固定到摇床的弹簧架上37℃震荡1h。

(11)在超净工作台中取上述转化混合液200μL,分别滴到含合适抗菌素(Amp

100ug/L)的固体LB平板培养皿中,再在平板上滴加40μL20mg/mlX-gal,7μL

200mg/mlIPTG,用酒精灯烧过的玻璃涂布棒涂布均匀(注意:一个不含抗生素作为

对照组,玻璃涂布棒上的酒精熄灭后稍等片刻,待其冷却后再涂,菌液涂皿操作时,

应避免反复来回涂布,因为感受态细菌的细胞壁有了变化,过多的机械挤压涂布会使

细胞破裂,影响转化率。)。

(12)在涂好的培养皿上做上标记,先放置在37℃恒温培养箱中30min直到表

面的液体都渗透到培养基里后,再倒置过来放入37℃恒温培养箱过夜。

(13)在被细菌污染的桌面上喷洒70%乙醇,擦干桌面。

(14)观察平板上长出的菌落克隆,以菌落之间能互相分开为好。注意白色菌

斑。

(三).转化克隆的筛选和鉴定

器材旋涡混合器,小镊子,微量移液取样器,移液器吸头,1.5ml微量离心管,

双面离心管架,干式恒温气浴(或恒温水浴锅),制冰机,恒温摇床,超净工作台,

酒精灯,无菌牙签,摇菌管。

试剂LB培养基(加抗菌素),PCR用试剂,引物,质粒提取用试剂,酶切需要

的限制性内且酶及其缓冲液,65%甘油(65%甘油,0.1mol/LMgSO4,0.025mol/LTris

ClpH8.0)。

操作步骤方法一:快速PCR筛选法

(1)在转化的平板培养基上随机选取4个边缘清晰的白色菌落,并用记号笔

在其所在的培养皿底部玻璃背面画圈做标记编号。

(2)在0.2mlPCR微量离心管中配制25μl反应体系。

ddwater16μl

10×PCRbuffer(不含MgCl2)2.5μl

25mMMgCl21.5μl

2.5mmol/LdNTP2μl(每种dNTP终浓度0.2mM)

10μmol/LPrimer11μl(12.5—25pmoles)

10μmol/Lprimer21μl(12.5—25pmoles)

模板质粒用小tip头轻轻粘一下选中的白色菌落,再伸入PCR混合液中洗一洗

Taq酶0.5μl(1.5u)

总体积25μl

(2)根据厂商的操作手册设置PCR仪的循环程序(本实验室已经设置为WZ):①

94℃5min②94℃1min③60℃1min④72℃1min50s⑤goto②29times⑥72℃10min

(2)PCR结束后,取10μl产物进行琼脂糖凝胶电泳(与原始插入片断同时比

对)。观察胶上是否有预计的主要产物带。

(3)按照编号找到培养皿中的原菌斑。根据需要进行放大培养提取其质粒

(4)提取到的质粒与原先的空载体(或已知分子量的质粒)再对比电泳,以进

一步确认。

方法二:提质粒再PCR或酶切鉴定

(1)在超净工作台中取3支无菌摇菌管,各加入3mLLB(含50mg/mL氨苄青霉

素),用记号笔写好编号。

(2)在超净工作台中将70%乙醇浸泡的小镊子头用酒精灯烤过,镊取一支无菌牙

签。用牙签的尖部接触转化的平板培养基上的一个白色菌落,然后将牙签放入盛有

3mLLB(含50mg/mL氨苄青霉素)的摇菌管中。用此法随机取3个白色菌落,分别装

入3个摇菌管中。

(3)37℃摇菌过夜后,用碱裂解法分别提取质粒。摇菌管中的剩余菌液保留在4℃

冰箱中。

(4)提取到的3管质粒样品可用PCR法扩增,或用酶切电泳法来鉴定其上是否

含有外源插入片断(方法见有关实验)。

(5)将经过鉴定判断为正确的质粒保存。按照编号找到冰箱中原菌液。根据需

要进行放大培养提取其质粒或进行诱导表达,或取500mL菌液与500mL65%甘油混合

后-80℃保存。

(6)在被细菌污染的桌面上喷洒70%乙醇,擦干桌面

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