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GEO数据上传的详细步骤演⽰

GEO数据上传的详细步骤演⽰

想必很多⽼师、同学们对转录组相关数据如何上传⾄GEO数据库存在困惑，本篇整理了GEO数据上传的相关步骤，教⼤家如何上传数据。

1登录GEO

1.1GEO地址

进⼊GEO数据库，两种⽅法：

GEO数据库

1.2注册登录GEO

为了上传数据，⾸先需要登录账号，点击界⾯右上⽅“login”。

新⽤户需要先注册，填写相关信息后，账号通过邮箱激活。

注册账号

登录后，如果账号是⾸次登录，需要完善个⼈信息，包括国家、地区、所属单位等。

登陆账号

2GEO数据上传

进⼊GEO数据库后，在⾸页界⾯选择将要上传的数据类型。⼤体上，上传数据类型可分为3类：

芯⽚数据；

⾼通量数据，如RNA-q、ChIP-q等；

其它表达谱数据，例如RT-PCR等。

接下来以某RNA-q数据上传为例展⽰，点击上传⾼通量数据类型。

以上传⾼通量数据为例

2.1上传数据要求

根据⽹站要求，需要上传3种数据，包括：

信息表（Metadataspreadsheet），这个由GEO⽹站提供，需下载填写；

⼀些重要的处理后数据（Procesddatafiles），如基因表达值矩阵等；

原始测序数据（Rawdatafiles），如fastq⽂件，推荐使⽤cleandata。

并且，GEO⽹站中列出了⼀些注意事项，仔细阅读⽹站界⾯下⽅的内容即可，⼤致上有以下⼏点：

GEO接受数据是有关基因表达定量、基因调控，表观遗传学或其它功能基因组的研究，包括RNA-q、ChIP-q、HiC-q、甲基化测序

等，不接收全基因组、宏基因组等类型。

原始测序数据是必须要提交的，由于后续将⾃动提交SRA，因此需要提供SRA⽀持的格式。推荐上传gz压缩的fastq⽂件（不要使⽤zip压

缩），且各个样本已做拆分。

处理后的数据也是GEO提交的必需部分，但只限于⾮常重要的，例如原始基因表达count值、FPKM标准化后的矩阵、ChIP-q定量峰bed⽂

件等。⼀些中间⽂件，或者⼤⽂件，如基因组⽐对后的BAM不推荐上传，除⾮有特殊必要需发邮件提前咨询⼯作⼈员。

对于上传的数据，需要校验MD5码并填写在信息表中，便于审核⽂件是否完整。

2.2填写信息表

⾸先下载信息表填写相关的信息。

在下载的Excel表中，“METADATATEMPLATE”中填写上传数据信息，包括试验描述、样本信息、数据类型等。“EXAMPLE”中提供了

相关的参考⽰例，根据实际数据模仿填写即可。

下载信息表

以展⽰RNA-q的EXAMPLE2为例简单说明下该表。

“SERIES”是对整个试验的描述。

title可以是发表⽂章的标题，summary可以是发表⽂章的摘要（请描述详细，不能太少），contributor可以为贡献作者。

填写⽂章的标题摘要⽐较省事，当然也可以重新构思描述信息，⽐如该数据在多个⽂章中使⽤时，可以综合为⼀个统⼀的试验描述。

“SAMPLES”是对样本的描述，“PROTOCOLS”、“DATAPROCESSINGPIPELINE”是关于样本处理以及测序细节。

对于样本描述，就是样本名称、来源的物种、组织、细胞类型等，以及各样本对应的数据⽂件，尽可能补充完整吧，除了不涉及的选项可以不

填（⽐如是组织测序，不涉及细胞系，因此细胞类型等就⽆需填写了）。

对于样本处理、测序，就是有关的RNA提取、⽂库构建等试验，这些若存在疑问，建议咨询测序公司⽐较好。

最后的三项内容，就是上传⽂件的细节信息。

包括⽂件名称、类型、MD5码等，以及若是双端测序还需指定R1和R2端测序数据⽂件的对应关系。

2.3上传数据

信息表填写⽆误后，开始上传数据。

⾸先返回GEO⽹站界⾯，查看有关数据上传的相关说明。

点击查看上传数据相关说明

初次使⽤GEO，⾸先需创建⼯作空间，以⽤于后续在服务器站点中作为个⼈存放数据的⽬录。记录Step1中的个⼈路径，后续上传⽂件时需要

指定。

创建个⼈站点

然后，点击Step2查看上传说明，下载安装指定的传输⼯具，上传数据。包括主机、⽤户名、密码以及个⼈账号路径等。

若有疑问，可在GEO⽹站界⾯下⽅查看答疑解惑。

登录站点

仔细阅读GEO⽹站中传输数据的要求，按要求将所有数据，包括原始测序数据、基因表达矩阵、信息表等摆放⾄⼀个⽂件夹中，然后将该⽂件

夹直接拖动⾄服务器的个⼈路径下就可以了。

传输时间由总⽂件数量、⼤⼩及⽹速决定。传输完成后⼀定要仔细对⽐下前后的⽂件⼤⼩是否⼀致，⽤于判断是否出现传输断点，是否有⽂件

需要重新上传等。

上传数据⾄站点

2.4提交审核

确认上传的数据⼀切⽆误后，返回GEO⽹站，点击Step3的“NotifyGEO”。

提交审核

根据所填写信息编辑页⾯，如果确认上传，最后点击Submit。

如果点击Submit提交了审核（真实上传数据时），接下来的⼏天内，注册NCBI账号时使⽤的邮箱中，会收到来⾃GEO官⽅的邮件。若有问

题，会在邮件中告知，之后按照提⽰修改即可。若⽆问题，等待后续数据释放就可以了。

如果未点击Submit（例如仅为测试GEO数据上传步骤），已上传的数据将默认在2周内⾃动清除。

确认提交