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三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

三种分析蛋白结构域(Domains)的方法

1，SMART入门，蛋白结构和功能分析

SMART介绍

SMART(aSimpleModularArchitectureRearchTool)allowsthe

identificationandannotationofgeneticallymobiledomainsandthe

an500domainfamiliesfoundin

signalling,extracellularandchromatin-associatedproteinsare

omainsareextensivelyannotatedwithrespectto

phyleticdistributions,functionalclass,tertiarystructuresand

mainfoundinanon-redundant

proteindatabaaswellasarchparametersandtaxonomicinformation

terfacestothis

databaallowarchesforproteinscontainingspecificcombinationsof

thedetails,plearefertothe

publicationsonSMART.

SMART(/)，可以说是蛋白结构预测和功

能分析的工具集合。简单点说，就是集合了一些工具，可以预测蛋白的一些二级

结构。如跨膜区（Transmembranegments），复合螺旋区（coiledcoilregions），

信号肽（Signalpeptides），蛋白结构域（PFAMdomains）等。

SMART前该知道的

1，SMART有两种不同的模式：normal或genomic

主要是用的数据库不一样。NormalSMART,用的数据库Swiss-Prot,

SP-TrEMBL和stableEnmblproteomes。GenomicSMART,用全基因组序列。

详细列表：/smart/list_

2，一些名词解释

/help/smart_

SMART进行时

可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/EnmblID/Accession

number(ACC)。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signalpeptides、PFAM

domains等的预测，勾上就是。看下图

SMART结果

运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。详细请看下

面。

不同结构的预测由不同的工具完成。如果你想了解更多，可访问去该工具的

网站。

•跨膜区（Transmembranegments）,TMHMM2program。(用表示)

•复合螺旋区（coiledcoilregions），Coils2program。(用表示)

•信号肽（Signalpeptides），SignalPprogram。()

•蛋白结构域（PFAM），PFAM。

等等。。不止这几个的。其它不一一列举。因为都是详细的说明。点击图标链接，

就能看到该区域的序列，或是一些详细的描述。如上图的跨膜区，点击进去就是

该跨膜区从开始到结束的序列。

另外，不一定所有预测的区域都会用在图示里看到。一般SMART的显示顺序

是SMART>PFAM>PROSPEROrepeats>Signalpeptide>Transmembrane>

Coiledcoil>Unstructuredregions>Lowcomplexity。另外其它不用图解

显示的区域，在底下的表格也有详细说明。

2，Sanger的Pfam数据库

网址：/

目前的版本：Pfam23.0(July2008,10340families)

ThePfamdatabaisalargecollectionofproteinfamilies,each

reprentedbymultiplequencealignmentsandhiddenMarkovmodels

(HMMs).

3，NCBI的CDD（ConrvedDomainDataba）数据库

网址：/Structure/cdd/

Proteinsoftencontainveralmodulesordomains,eachwitha

’sConrvedDomain

Databaisacollectionofmultiplequencealignmentsforancient

domainsandfull-lengthproteins.

最后，自己试验一下。上面两个图的结果的数据是用了NP_776850的蛋白序

列。你也可以拿这个序列来运行一下看看。