ms什么意思

新手求答：

1.一步计算完成后，有两个文件.xtd和.xsd。再继续下一步计算，在哪个文件上进行操作呢？

2.到最终运算结束，分析文件的时候，要分析哪个文件呢？.xtd还是.xsd的，还是分析不同的参数要选不同的文件呢？

1、一般xtd里全选，复制，新建xsd，粘贴出来即可；或者导入table取总能量最低的

2、除非分析性质随时间变化，一般就用xsd分析

xtd是轨迹文件，xsd是结构文件，下一步的计算一般选xsd文件，计算结束后分析不同的参数需要选不同的文件。

alculate_finite_basis:Convergencefailedwhendoingfinitebasistcorrection

这不提示了吗，应该是基组精度选择不合理

改变一下参数也许能收敛，提高截止能量，降低一下K点或精度

2.使用doml3计算磁性时，设置自旋多重度，发现

Multiplicity:Selectthemultiplicble

optionsare:

Auto

Singlet

Doublet

Triplet

Quartet

Quintet

Sextet

Septet

Octet

最高只能设到8。是吗？input文件中可以修改设到更高的多重度吗?

有的文献的多重度可达到11。这是怎么回事？

uformalspin的那个勾是表示使用formalspin作为初试自旋，而每个原子的formalspin是可以任意设置的。如果是

采用formalspin达到目的，那么formalspin设置有什么限制没？根据什么规律设置？

自旋多重度和总磁矩有关系吗？

3.1MS结构优化后的Optimizationcoverenge图中各线分别是什么意思？与结构优化之间的关系？

2xsd与xtd两个结构图，是xsd为优化后的结构吗？如果以优化后结构继续计算性质，是不是只要打开此文件再

calculation？

1、这三个在下面不是有说明吗？

分别是能量变化，最大位移和最大力，当三者达到你设置的精度一下，就是分别低于相应的三条虚线时，scf完成

2、对，xsd是最后优化好的结构，xtd应该是动画那种，要计算性质，就打开xsd文件calculation就ok了

不过从图的全貌来看，并不是三者都达到基线以下了啊？如位移，还在基线以上。

基线的确定是什么标准呢？即纵坐标表达的含义，其标准的规定以什么为原则？

从这个例子来看，似乎是以能量趋稳作为判断收敛的标准即可，不需要三者同时达到是吧？

最后，这个标准是不是选择精度后就默认的，而不是自主规定？能不能自己规定，在哪里规定呢？

4.

Dynamicscalculation-Abortingdynamics.

Anunphysicalintegrationstep(>100Angstroms)hasbeendetected.

Tryreducingthetimesteporrelaxingthestructurefirst.

感觉应该是初始结构不好吧，所以让你relaxingthestructurefirst。可能某一步的位移有异常，或者你试试减小步长，

增加精度

5.

最近看到很多虫友提示gateway无法连接的问题，总结一下大致有两种情况：

1、防火墙或者其他安全软件阻止gateway的启动，使gateway处于停止状态，从而导致gateway无法连接

2、另外一个是gatewaytimeout太小使得访问gateway太频繁而出现问题

遇到上述第一种问题，可以尝试一下解决方法：

首先从控制面板->管理工具->服务，然后查看MaterialsStudioGateway(18888)的状态，看一下gateway是否已启动，

若停止，右键启动gateway，建议大家右键选择属性，修改启动类型为“自动”。

有可能会出现不能启动的问题，查看一下360的云查杀，可能是gateway被列为可疑进程而被中止，把gateway添加

到信任列表，再启动gateway就可以了。

第二种问题可以通过rverconsole里面的设置增加gatewaytimeout来减小访问gateway频率

补充一下：gateway必须在有网络连接的情况下才能启动，只要显示有连接就可以了

1.如何用MS中的DMOL3模块，算完一个分子的所有性质之后，看到它的电荷密度差分布

图，比如氯化氢，都知道氢分子丢电子，氯分子的电子，所以氢分子的电子密度减小，氯

分子的等咋，如何在从图中表现?

在计算的时候，properties选项卡里面勾选Electrondensity。算完之后在输出文件.xsd中用

Dmol的Analasis，选中Electrondensity，点import，就可以看到等值面。之后用工具条切片。

工具条在view>toolbars>volumevisulization中。点击Creatslices，有切片了。再右键调节color

mapps，

已经切片了，那么再看在volumevisulization工具条中是不是有个按键colormaps？或者在

你的xsd窗口中右键，点击colormaps。

在弹出的窗口中有个From0.0To200多的数字，表示电子密度的大小。这些数是可调节的，

把To200多的那个数调节到20或者100看看。顺便能把等直面给删了，点中等直面蓝色的

球，按delete

2.利用MS中dmol3模块对有机分子进行优化并计算电荷密度，从计算结果文件中能看到电

荷密度的具体数值，但想用Analysis中的view功能查看电荷密度分布图时view按钮为灰色，

请问怎么解决？

必须要有成功的output文件，选上所优化的结构，就可以view了.有输出的以outmol为后缀的文件，在里面也可以查

到电荷的密度，但就是没法view

如果计算结果收敛了，在“...DMol3Energy”目录下，“....xsd”文件上双击，analysis的view键就由灰变白了，点击

view后，在xsd上右键label，就可以将需要显示的数据标在xsd文件上

3用Dmol3做出来的吸附，可以对比吸附前后键能的变化

DMol3结构优化时能量发生突变，最终也能收敛

初始结构应该是比较合理的（用分子力学优化过），用DMol3结构优化（高精度），开始30-50步能量一直在单调降低，

然后突然增加，再慢慢降低，有的结构会多次突然增加。最终得到能量与最初的能量差不多，甚至更高，但优化成功结

束。从结构上看，键角或空间位置有不合理之处。如果收敛出现突变的话，最终结构往往有不合理之处（如键角和空间

位置）。顺便问一下，能否对特定结构进行频率分析？正在尝试对最终和最初结构分别用DMol3进行单点能量计算，勾

选Frequency。不过好像很费时间。嗯，算频率是个不错的想法。

突

变后的构型如果出现虚频，就说明不是真正的极小点

请问MS中切面时蓝色框代表什么意思呢

蓝色框的意思是切后以切面为顶面的晶体构造，可以看到，写着U、V的那个实线面和切面是平行的。至于U和V，应

该是晶向指数中的U和V两个参数(，蓝色框框就是你切出来的slab不包含真空层的区域。U，V是表面二维基矢。)

蓝色框就是一个预告图，或者告诉你，切面是沿平行于实线蓝色面切的

4MgO是225号Fm-3m结构，Mg在0位置，O在0.5位置。

那么按照(100)切割后，要按照新的面来取最小的周期重复面。那么，最小的新的面则是四个相同原子围一个中心的不同

原子，也就是平面的“体心”，可以看到，这其实是在惯用NaCl晶胞中取了任意一个面，连接四条边的中点组成的平

面图形。

根据简单的计算可以知道，新的正方型的边长是a/sqrt(2)，即图中白线长度，也即新的晶胞的LatticeParameter为

b=a/sqrt(2)。

并且转换后，需要以一个正方型的定点为新的原点，于是，相对新原点，中心原子的位置为（0.5,0.5,0），就是

0.5b=0.5*a/sqrt(2)=a/2*sqrt(2)

5我看到文献提到Cerius2的BFDH方法确定一种晶体可能的生长面。

MS里面有没有方法可以确定矿物晶体的各种可能的生长面？

生长的话应该是优先沿着表面能低的面也就是密排面

能带绘制

第一步，选择模型文件，选择模块里的analysis（castep和dmol）一样

第二步，选折能带结构（bandstucture），点击view，画出能带，按CTRL＋C拷贝数据。也可以导出，再在origin里面

导入，不过CTRL＋C快一些

第三步：处理数据，不管CTRL＋C还是导出导入，都是两行数据，第一行是能带结构的横坐标，从0到1，反复。第二

行是能量值，所以一组数据表示一条能带。要把能带按顺序排列需要不断地cut（ctrl+x)＋paste(ctrl+v)，最后把重复的

横坐标去掉。

第四步：画能带结构，（由于反复cut，paste慢，所以用我做好的文件作能带）

第五步：把横坐标的字去掉，纵坐标改称energy，由于是用dmol计算的能带所以单位是Ha，设置能带图的4个轴，参

加动画。

第六步：设置x轴的范围从0到1，然后加线，隔多少点看MS中画出的能带图，最后加上对称点的说明。能带到此基本

绘制完成。

第七步：为了表示不同轨道组成的能带，可以给不同的能带不同的颜色，一个是突出和美观，另外对于能带的走势也是

很容易看的。

第八步:可以用origin里面的文本工具给不同的能带标上说明，最后export导出bmp图像。