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VectorNTI使⽤中⽂说明

VectorNTI

它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋⽩质进⾏各种分析和操作。

⼀、VectorNTI作为VectorNTISuite的核⼼组成部分，它可以在各种分⼦⽣物学研究项⽬的全过程中提供数据组织、编辑和

分析⽀持。

（⼀）对分⼦序列的操作我们以⼀个DNA序列为例，进⾏⼀系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此

氨基酸序列进⾏各种分析。A，DNA序列为猪⽣长激素的cDNA序列，长为761bp。⾸先使⽤VectorNTI的CreateNew命令将

此序列导⼊到VectorNTI的数据库中：1，第⼀种⽅法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的CreateNew——Using

SequenceEditor（DNA/RNA……）；2，在出现的“NewDNA/RNAMolecule”对话框中，⾸先在General填⼊导⼊序列的名

称——PGH；3，在DNA/RNAMolecule活页中，选中LinearDNA，Animal/otherEukaryotes，RepliconType中选

Chromosome；4，Description中填⼊：GrowthhormonemRNA;5，在SequenceandMaps中点击“Edit

Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导⼊。B，如果是⼀个从GenBank上下

载的序列⽂件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Moleculefiles命令，找到序列⽂件，在Fileformat中选中GenBankFiles；点

击OK。

（⼆）常规操作：当序列导⼊完成后，在桌⾯出现三个窗⼝，上左侧的窗⼝中显⽰的是该序列的常规信息，上右侧窗⼝则以图

形的格式展⽰序列的特征区及酶切图谱等。下⾯⼀个窗⼝显⽰的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显

⽰。1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动⿏标左键，同时在最下端的状态栏中显⽰出所选区域的范围。2．删

除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。3．选中序列⽚段后，点击Edit菜单，⽤其中的命令可以完成对此

⽚段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和⽤其它序列来代替等。4．当点在其⼀特定位置时，我们也可以在此位置插⼊

新的序列：Edit–New–InrtSequenceas5．当希望序列显⽰单链时，点击View–ShowBothStrands（三）常规分析：

1．设计PCRSequencePrimer,Hybridization,Probes：选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。需要注意

的是，在设计前，⾸先得将序列存⼊数据库中，具体设计由于我们推荐使⽤Oligo，所以此处不详述。2．序列基本信息分析：

选中序列区段后，选Analyze–OligoAnalysis,在OligoAnalysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分⼦量、GC含量、

Tm值、3‘端的⾃由能、回⽂结构及重复序列等基本信息。3．酶切图谱分析点击Analyze菜单中RestrictionSites命令，出

现“RestrictionMapSetup”对话框，点击Add按钮，填⼊需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为

了显⽰正确，我们可以设定超过⼀定位点数量的酶不显⽰，可以限定分析的区域等。点击OK后程序⾃动完成酶切分析。

4．Motif查找点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的MotifsSetup对话框中我们可以添加新的Oligo或从OligoDataba和

OligoList中选取；选中后点击OK按钮，程序完

成Motif的查找，同时给出相似性的百分⽐。5．ORF查找点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORFSetup对话框中，填

⼊ORF的最⼩长度（多少个密码⼦）以及其它⼀些设定后点击OK，程序⾃动完成ORF的查找。6．翻译翻译前选中⼀个ORF

或⼀个区域，这⾥我们希望把pGHcDNA基因完全翻译成蛋⽩质，因此选中最长的⼀个ORF（7－657bp）。点击Analyze菜

单中的Translate命令中的“IntoNewProtein”-“DirectStrand”,在出现的“NewProteinMolecule”对话框中给出新蛋⽩质的名称后

点击确定，程序完成翻译并打开⼀个新的窗⼝，显⽰氨基酸序列。7．反翻译选中氨基酸序列⽚断，点击Analyze菜单中的

BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是“仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。

（三）模拟电泳：模拟电泳是指对DNA⽚段进⾏酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切⽚段分离。该功能有利于评估

电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。1．点击Gel菜单–CreateNew命令：出现GelSetup对话框，⾸先选择电泳介质的

类型－“AgaroGel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer种类。2．点击OK后即打开⼀个电泳界⾯，左侧是对电泳情况的描

述，右侧则为胶板。3．⾸先配置⼀个Marker：点Gel菜单–CreateGelMarker,出现NewGelMarker对话框,⾸先输⼊Marker

的名称：

pGH-Marker，在GelMarker活页中输⼊⾃⼰设定的⽚段，100，200，300，400，500，600，1000bp,点击确定。4．样品制

备：点Gel菜单–CreateGelSample命令出现CreateGelSample对话框，选择来源分⼦SSPGH，选中AvaI和SmaI两个酶，输

⼊Sample的名称SSPGH-AS。此时我们可以把酶切的⽚段直接加⼊到胶上，也可以加⼊到样品列表中或保存为Marker，我们

点击AddtoGel，则在胶上出现1号样品。5．点Marker到胶中：点击第⼆⾏⼯具栏中的AddMarkerLane图标，出现Choo

DatabaGelMarker对话框，选中pGH-Marker，点击OK，则Marker出现在2道6．电泳：⽤⿏标点击右侧窗⼝激活胶板，点

击第⼆栏⼯具栏中的双箭头，开始电泳，同时在旁边显⽰电泳时间，再次点击双箭头，电泳停⽌。7．计算两条带分开时间：

选中没有分开的条带，点⼯具栏中的计算器CalculateSeperationTime，即可得到所需信息。8．导出胶图：激活胶板，点击

⼯具栏中的Camera⼯具,出现Camera对话框,选中需要导出的选项，结果可以到剪贴板，也可以保存成⽂件。到剪贴板后就可

以在Word等⽂档编辑器中粘贴。

（四）图形操作对于图形展⽰的序列信息，我们可以对图形进⾏各种修饰和改动，并最终导出需要的图形，如果序列是质粒，

则可得到质粒图谱。我们还是以SSPGH序列为例：1．激活图形栏，点击⼯具栏中的EditPicture。此时，点击任意⼀个需要

改动的组件，则⿏标变为四⽅向箭头，按住左侧则可以任意拖动其位置。2．点击左键，选中Properties命令，则在Properties

对话框中可以改变⽂字，字体，连线的粗细和颜⾊。3．对于特征序列，我们还可改变其填充⽅式，箭头⽅向等。4．加⼊注

释：点击⼯具栏中的回形针按钮，出现Annotation对话框，输⼊注释⽂字（⽀持中、英⽂），如：“这是⼀个测试Sequence”。

点击确定后，⽂字就出现在图⽰窗⼝中，同样可以改变其位置、字体、颜⾊等。5．修改完成后，点⼯具栏中的命

令，同样可以到剪贴板或⽂件。

⼆、组件AlignX

运⾏AlignX后出现四个窗⼝，从上到下，从左到右分别为序列信息窗⼝，进化树窗⼝，同源⽐较图⽰窗⼝和序列⽐较窗⼝。对

于同源⽐较可以分为两类：⼀类是两个或⼏个序列（包括DNA/RNA和蛋⽩质序列）的⽐较，此时仅限于⽐较序列的相似性；

另⼀类则是多个序列间的⽐较并得出系统进化树。（⼀）导⼊外源序列的⽅法：点击Project菜单中AddFiles命令，选择需要

⽐较的序列⽂件，点击打开按钮，确认是DNA/RNA还是ProteinSequence后，点击Import按钮就可以完成序列的导⼊任务。

（⼆）我们以程序本⾝提供的演⽰Project来讲述AlignX的使⽤：1．选择Project菜单Open命令，找到VectorNTI的Demo

Projects⽂件夹，打开⽂件；2．在⽂本窗⼝中，使⽤⿏标左键双击任⼀⽂件名，就可以得到该⽂件的所有基本信

息；3．建⽴⼀个新的⽐较策略并进⾏⽐较：①在⽂本窗⼝中，按住Ctrl键选中四个序列：AF××××②点击Alignment菜单中

AlignmentSetup命令，出现AlignmentSetup对话框，在此对话框中有30个选项来确定最终⽐较结果展⽰⽅式，这⾥我们使⽤

默认值即可。③点击Alignment菜单中的AlignSelectedSequence命令，⽚刻后程序完成⽐较并给出结果和进化树；④在View

菜单中，我们可以通过EditAlignment命令来编辑⽐较结果，使⽤DisplaySetup命令来改变结果的展⽰⽅式和颜⾊等。4．结

果的导出：①进化树的导出：激活进化树窗⼝，点击⼯具栏中的ExportTree按钮即可将进化树保存为.Ph⽂件，并可被其他树

编辑软件所识别。或者点击Edit菜单中的Camera命令，将图像保存到剪贴板后在Word等⽂档编辑软件中粘贴；②序列⽐较结

果的导出；点击Project菜单中的ExportMSFFormat命令，将结果保存为.msf⽂件后，⽤GeneDoc打开进⼀步进⾏编辑和修

饰。

三、ContigExpress该组件让您能够直接从测序仪或其它⽂件格式（如GenBank和Fasta等）中导⼊序列，并将这些阿序列⽚

段拼接成⼀个长⽚段。在拼接的过程中可以显⽰测序图谱，可以⾃动去除载体序列及测序模糊序列。同时能在拼接的完成序列

碱基的改动。1．点击Project菜单中的Open命令，找到DemoProject⽂件夹中的⽂件。当然我们也可以导⼊⾃⼰的

序列，⽅法是点Project菜单中的AddFragments命令，在此可以导⼊各种格式的⽂件。2．建⽴拼接策略：点击Asmble菜单

中的AsmblySetup命令，出现AsmblySetup对话框，在此我们使⽤程序的默认值，不作改动。3．使⽤Ctrl键将.abi⽂件

全部选中，并点击Asmble菜单中的AsmbleSelectedFragment命令，程序⾃从完成拼接并出现⼀个Contig1的图标。4．

双击Contig1图标，出现另⼀个窗⼝展⽰⼀个8⽚段拼接结果。5．激活序列窗⼝后，点击View菜单中的ShowAll

Chromatograms命令，就可以显⽰每个序列的测序图谱。6．编辑图谱及序列：如果想改变图谱或序列上的某个碱基，就可以

⽤框标点击该碱基，后输⼊新的碱基即可。同时，在图形窗⼝双击任⼀⽚段就可以打开⼀个新的窗⼝，在此窗⼝中可以对此序

列进⾏直接的改变了。7．拼接结果的导出：点击Edit菜单中的SelectAll命令选上拼接结果序列，在此点击Edit菜单，使⽤

Copy命令将拼接结果复制出来。