PAM打分矩阵

概括介绍

PAM矩阵(和BLOSUM矩阵)都是用于蛋白质序列相似性的记分矩阵(scoring matrix)。记分矩阵中含有对齐时具体使用的数值。一般FASTA和BLAST都提供BLOSUM或PAM系列矩阵供选择，若要进行突变性质的进化分析时可以使用PAM，FASTA缺省推荐BLOSUM矩阵。

PAM (Point Accepted Mutation)矩阵基于进化原理，建立在进化单点可接受突变（PAM）模型基础上。如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位，即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。PAMn矩阵是由PAM1自乘n次得到的。

这种矩阵的缺点是一旦PAM1的矩阵有误差，那么自乘250后得到的PAM250矩阵的误差就会变得很大。这个矩阵现在已经很少使用，而被BLOSUM代替。